Natriy gipoxloritni dezinfektsiyalash printsipi asosan uchta jihatni o'z ichiga oladi:
Gipoxlorid kislota gidroliz natijasida hosil bo'ladi va gipoxlorid kislota yangi ekologik kislorod hosil qilish uchun yanada parchalanadi. Yangi ekologik kislorodning kuchli oksidlovchi xususiyati bakteriyalar va viruslardagi oqsillar kabi moddalarni denatüratsiya qiladi va shu bilan patogen mikroorganizmlarni o'ldiradi.
Hipoklorik kislota bakteriyalarga (viruslarga) kirib, bakterial (virusli) oqsillar, nuklein kislotalar va fermentlar kabi organik polimerlar bilan reaksiyaga kirishishi va shu bilan patogen mikroorganizmlarni o'ldirishi mumkin.
Hipoxlorid kislota tomonidan ishlab chiqarilgan xlorid ionlari bakteriyalar va viruslarning osmotik bosimini sezilarli darajada o'zgartirishi mumkin, bu ularning hujayralarining faolligini yo'qotadi va o'ladi.